Statistický systém INTRASTAT je založen na povinném výkaznictví pro ekonomické subjekty, které provádí vnitrounijní obchod (obchod s ostatními členskými státy EU), a je závazný a ve svých základních principech stejný ve všech státech EU. Zajištění a provoz systému INTRASTAT (např. formy výkazu, organizační zabezpečení ) však řeší jednotlivé státy EU tak, jak to nejlépe vyhovuje jejich státní administrativě. V různých zemích EU tedy sběr údajů pro systém INTRASTAT zajišťují různé orgány státní správy (např. národní statistické úřady, národní úřady celní nebo i národní banka).
Povinnost vykazování údajů v systému INTRASTAT je stanovena ustanoveními předpisů EU, která jsou v ČR upravena zejména Vyhláškou č. 200/2004 Sb., o statistice vyváženého a dováženého zboží a způsobu sdělování údajů o obchodu mezi Českou republikou a ostatními členskými státy Evropského společenství, celním zákonem a příslušnou prováděcí vyhláškou. Podle těchto předpisů je systém INTRASTAT v ČR upraven následujícím způsobem.
Povinnost vykazovat údaje v systému INTRASTAT se týká subjektů, které překročí tzv. asimilační práh při přijetí zboží z jiného členského státu EU nebo při odeslání zboží do jiného členského státu EU. Asimilační práh byl stanoven pro odesílání zboží ve výši 12.000.000,- Kč a pro přijetí zboží ve výši 12.000.000,- Kč a vychází z fakturované hodnoty zboží, odděleně pro přijetí a pro odeslání zboží. Překročením asimilačního prahu se subjekt stane osobou povinnou k vykazování, tzv. zpravodajskou jednotkou.
Zpravodajská jednotka tedy předává výkaz pro INTRASTAT o odeslání zboží, jestliže fakturovaná hodnota odeslaného zboží překročila v kumulaci od začátku kalendářního roku ve sledovaném období částku 12.000.000,- Kč, a výkaz pro INTRASTAT o přijetí zboží, jestliže fakturovaná hodnota přijatého zboží v kumulaci od začátku kalendářního roku překročila ve sledovaném období částku 12.000.000,- Kč.
Pro vyhotovování výkazů pro INTRASTAT a pro jeho předávání celnímu úřadu si může zpravodajská jednotka zvolit a zmocnit zástupce, který může za zpravodajskou jednotku údaje pro INTRASTAT vykazovat a následně je předávat příslušnému orgánu. Takové zastoupení musí být učiněno písemným zmocněním, smlouvou nebo jiným dokumentem, který bude možné na je prokázat.
Výkazy s údaji pro INTRASTAT se podávají souhrnně za sledované období, kterým je kalendářní měsíc, a podávají se jednou měsíčně, nejpozději do 12. pracovního dne v měsíci následujícím po sledovaném období. Zvlášť se podávají výkazy za odeslání zboží a zvlášť za přijetí zboží. Jako orgán, v jehož kompetenci bude sběr údajů, byla v ČR určena celní správa a výkazy se tedy podávájí příslušným celním úřadům.
Pro účely vykazování údajů pro INTRASTAT byl předepsán tiskopis (výkaz pro INTRASTAT - zvlášť pro odeslání a zvlášť pro přijetí zboží), který je možné vyhotovovat v papírové formě nebo údaje předávat celnímu úřadu elektronicky v předepsaném formátu (na disketě nebo prostřednictvím elektronického přenosu dat). Tiskopis výkazu pro INTRASTAT je možné vyhotovovat i prostřednictvím výpočetní techniky, za předpokladu, že bude odpovídat předepsanému vzoru.
Jako tiskopis výkazu pro INTRASTAT je dále umožněno využít tiskopis jednotného správního dokladu (JSD) ale pouze samostatně pro každou jednu podpoložku zboží, tzn. že nebude umožněno využívat jednotného správního dokladu doplňkového.
Systému INTRASTAT podléhá veškeré zboží statusem EU, a zboží v celním režimu aktivního zušlechťovacího styku nebo přepracování pod celním dohledem, které je dočasně odesíláno resp. přijímáno jiným členským státem, než ve kterém bylo do těchto režimů propuštěno.
Informace ze systému INTRASTAT musí být srovnatelné s informacemi, které byly před vstupem ČR do EU získávány statistikou zahraničního obchodu založenou na celní statistice. To znamená, že systém musí zachycovat pohyb zboží v čase, prostoru a dostatečném zbožovém detailu, ale také sledovat obchodní operace, na základě kterých k pohybu zboží dochází (změna vlastnictví, zpracovatelské operace, skladování, přesun zboží v rámci jednoho subjektu apod.). Do systému INTRASTAT jsou tedy uváděny obdobné údaje jaké se uváděli do písemných celních prohlášení podávaných za účelem propuštění zboží do některého z celních režimů. Jsou to zejména údaje podpoložce zboží dle celního sazebníku EU (TARIC), o fakturované ceně v Kč, o statistické hodnotě v Kč, druhu transakce ( obchodní operace), o dodací podmínce atd.
Samostatně jsou stanovena pravidla pro vykazování údajů o trojstranných obchodech nebo zvláštních pohybech zboží, jako je např. přijetí nebo odeslání investičních celků, přijetí nebo odeslání časově rozložených zásilek apod.
Oprava nepřesných anebo chybných údajů ve Výkazu, který byl předán celnímu úřadu, se provádí vyhotovením celého nového dokladu se správnými údaji. Nový Výkaz se předává celnímu úřadu bezodkladně po zjištění nepřesnosti nebo chyby (za bezodkladné předání opravného Výkazu se považuje takové předání, které nebude učiněno později, jak v termínu pro běžný výkaz za příslušné sledované období. To znamená, že například v případech, kdy je chybný údaj zjištěn v průběhu měsíce června je třeba opravný výkaz předat celnímu úřadu nejpozději do dvanáctého pracovního dne měsíce července v příslušném roce). Výkazy s opravenými údaji za sledovaná období daného kalendářního roku lze předat příslušnému celnímu orgánu nejpozději do dvanáctého pracovního dne měsíce června následujícího roku.
V již předaných Výkazech není třeba opravovat chybně nebo nepřesně uvedené údaje o fakturovaných hodnotách, pokud se těmito opravami nezmění o více než 5 % do Intrastatu celkově vykázaná hodnota náležející k jednomu zbožovému kódu kombinované nomenklatury odeslaného nebo přijatého zboží v jednom referenčním období. Proto opravovat chybně nebo nepřesně vykázané údaje o fakturované hodnotě je nutné při nepřesnosti větší jak 5 % z vykázané hodnoty zvlášť za odeslání či přijetí zboží v jednom referenčním období, a to zboží označeného jedním kódem zbožové kombinované nomenklatury.
Každá osoba, která má sídlo nebo trvalý pobyt na území ČR je povinna sdělit celním orgánům pravdivé informace o vnitrounijním obchodu způsobem a s použitím dokladu, které jsou stanoveny Vyhláškou č. 200/2004 Sb., o statistice vyváženého a dováženého zboží a způsobu sdělování údajů o obchodu mezi Českou republikou a ostatními členskými státy Evropského společenství, a poskytnout celním orgánům nezbytnou součinnost. Celní úřad je, dle ustanovení § 319 zákona č. 13/2004 Sb., celní zákon v platném znění, oprávněn za neplnění těchto povinností pokutu až do výše 1.000.000,- Kč.
